یکی از مهمترین نکاتی که متخصص تغذیه ورزشی باید به آن توجه ‌کند، وجود برهم کنش مواد مغذی با یکدیگر است؛ در بسیاری از موارد حتی توصیه‌های اثبات شده تغذیه‌ای، اگر بدون توجه به برهم کنش مواد مغذی صورت گیرد می‌تواند مشکلات زیادی را به‌خصوص برای ورزشکاران به‌وجود آورد.
ورزشکاران عموما به‌دلیل دریافت انرژی بیشتر نسبت به سایرین و کاهش وعده‌های غذایی به جهت تخصیص بخشی از زمان به ورزش و محدودیت‌های زمانی دریافت غذا قبل و پس از ورزش در هر وعده غذایی مقدار بیشتری غذا مصرف می‌کنند که علاوه بر تامین انرژی، موجب دریافت همزمان گروه زیادی از ریز مغذی‌ها (ویتامین‌ها و مواد معدنی)، می‌شود. 
استفاده غیر اصولی و بیش از حد مکمل‌های ویتامین و مواد معدنی نیز امکان تداخل را دوچندان کرده است. برای مثال مصرف ۳ تا ۴ لیوان شیر از توصیه‌هایی است که توسط بیشتر کارشناسان آگاه صورت می‌گیرد اما همین توصیه ساده اگر بدون توجه به تداخل مواد مغذی با یکدیگر باشد بسیار خطرناک خواهد بود. بررسی‌ها نشان می‌دهد، در افرادی که شیر مصرفی را (۳ تا ۴ لیوان در روز ) همراه وعده اصلی غذایی مصرف کرده‌‌اند به‌دلیل وجود بر هم کنش کلسیم با آهن و کاهش جذب آنها در خانم‌ها، موجب بروز کم‌خونی در این گروه می‌شود.
بنابراین به‌نظر می‌رسد حتی ساده‌ترین و عمومی‌ترین توصیه‌ها نیز باید با در نظر گرفتن تمامی‌جوانب آن صورت گیرد که قطعا بدون آگاهی از برهم کنش مواد مغذی نه تنها سودمند نخواهد بود، بلکه بعضا آثار منفی نیز خواهد داشت. بنابراین به‌طور مختصر به مواردی از این دست اشاره خواهد شد. 
● اسید فولیک 
کمبود آن در کارکرد ویتامین B۱۲ اثر منفی دارد اگر دریافت نیاسین کاهش یابد فعال سازی فولات نیز کم می‌شود. مصرف ویتامین C باعث حفظ ذخایر فولات بدن می‌‌شود، مضافا دفع ادراری فولات را کاهش می‌دهد. 
● اسیدهای چرب امگا – ۳ 
با اسیدهای چرب امگا-۶ تداخل جذب دارند و افزایش مصرف انواع روغن‌های غنی از امگا-۶ موجب می‌شود تا جذب اسید‌های چرب امگا-۳ کاهش یابد. استفاده از مکمل‌های ویتامین E ، پراکسیداسیون اسیدهای چرب ضروری را در بافت‌ها کم می‌کند. 
● آهن 
با کلسیم، مس، منگنز، ریبوفلاوین، ویتامین A ، B۶، E ، ویتامین C و روی تداخل و برهم کنش دارد وکلسیم جذب آهن دو و سه ظرفیتی را کاهش می‌دهد؛ مس اگر زیاد دریافت شود جذب آهن را مختل و اگر کم دریافت شود به‌کارگیری آهن را نیز مختل می‌‌کند؛ منگنز نیز جذب آهن را کاهش می‌دهد. کمبود ریبوفلاوین جذب آهن را کم کرده و با تاثیر بر متابولیسم آن موجب کم‌خونی می‌شود. کمبود ویتامین A ، حرکت آهن از ذخایر و مصرف آن در بدن را مشکل می‌سازد در ضمن سطوح پلاسمایی آهن افت می‌کند. ویتامین B۶ نیز در صورتی‌که کمتر از مقادیر مورد نیاز دریافت شود در متابولیسم آهن نیز اثر منفی دارد؛ ویتامین C جذب آهن را به شدت بالا می‌برد و تاثیر ممانعت کننده‌های آهن همچون فیتات را خنثی و به‌کار رفتن ذخایر آهن را در بافت‌ها بهبود می‌بخشد. مصرف منابع غنی از روی یا مکمل‌های آن موجب می‌شود جذب آهن کم شود. 
● پتاسیم 
منیزیم برهم کنش دارد و کمبود منیزیم موجب افزایش دفع پتاسیم می‌شود. 
● تریپتوفان 
اگر همراه با مکمل‌های پروتئینی مصرف شود مقدار تریپتوفان مغز را کاهش می‌دهد، زیرا برخی اسیدهای آمینه غذاها برای انتقال به مغز با تریپتوفان رقابت می‌کنند. مصرف همزمان کربوهیدرات با مکمل‌های تریپتوفان، مقدار تریپتوفان مغز را کاهش می‌دهد، زیرا ترشح انسولین در پاسخ به حضور کربوهیدرات، موجب بهبود انتقال این اسیدهای آمینه به خارج از جریان خون می‌‌شود، بنابراین برداشت مغزی تریپتوفان بهبود می‌یابد. 
● تیامین 
کمبود منیزیم باعث می‌شود در روند تولید تیامین پیروفسفات اختلال ایجاد شود؛ وجود ویتامینC در دستگاه گوارش از غیر فعال کردن تیامین توسط پلی‌فنل‌ها جلوگیری می‌کند. کمبود اسید فولیک نیز جذب تیامین را کاهش می‌دهد. 
● روی 
مقدار زیاد مصرف کلسیم جذب روی را کاهش می‌دهد. مس و اسید فولیک نیز جذب آن را کم می‌کنند. اگر نسبت آهن به روی در رژیم غذایی بیشتر از ۱ به ۲ باشد جذب روی مختل می‌شود. مصرف سیستئین و هیستیدین موجب بهبود جذب روی می‌شود. کمبود دریافت ویتامین B۶ مقدار روی را در پلاسما کاهش داده و جذب آن را نیز مختل می‌کند. مکمل ویتامین E به‌نظر می‌رسد که بروز کمبود روی را سرعت می‌بخشد. 
● ریبوفلاوین 
وجود نیاسین کافی نقش مهمی‌را در فعال سازی ریبوفلاوین دارد. 
● سلنیم 
کمبود ویتامین C باعث می‌شود به‌کارگیری سلنیم مختل شود، مصرف مکمل این ویتامین جذب سلنیت سدیم را کم می‌کند. در صورتی‌که بدن دچار کمبود ویتامین E باشد نیاز به سلنیم افزایش می‌یابد. 
● کارنیتین 
کمبود ویتامین C نیاز به کارنیتین را افزایش می‌دهد. 
● کروم 
مصرف کربنات کلسیم باعث کاهش جذب کروم می‌شود. در ضمن کمبودآهن در وعده غذایی، جذب کروم را بهبود می‌بخشد و هرچقدر درصد اشباع ترانسفرین با آهن بیشتر باشد انتقال و نگهداری کروم بیشتر می‌شود. 
● کلسیم 
مصرف زیاد منیزیم جذب کلسیم را کاهش می‌دهد و کمبود آن نیز موجب هیپوکلسیمی‌می‌شود. مصرف بیشتر از دو گرم فسفر در روز نیز مقدار دفع ادراری آن را کاهش می‌دهد. دریافت زیاد پروتئین دفع ادراری کلسیم را زیاد می‌کند. افزایش مصرف نمک و فرآورده‌های حاوی سدیم نیز دفع ادراری آن را افزایش می‌دهد. مصرف مکمل ویتامین D باعث خواهد شد تا جذب کلسیم زیاد و دفع آن از ادرار کم شود. مصرف روی به میزان بیشتر از ۱۴۰ میلی‌گرم در روز جذب کلسیم را کاهش می‌دهد. 
● فلوئور 
مصرف همزمان کلسیم جذب فلوئور را کاهش می‌دهد. 
● مس 
با کادمیوم، آهن، مولیبدن، ویتامین B۶ و روی، برهم کنش دارد. مس در جذب و کاربرد کادمیوم اختلال می‌کند مولیبدن موجب افزایش دفع ادراری آن شده و کمبود ویتامین B۶، جذب مس را کم می‌کند. مصرف بیش از ۸۰ میلی گرم روی در روز موجب کم شدن جذب مس می‌شود. 
● منگنز 
آهن، مس و کلسیم، جذب منگنز را کاهش می‌دهد و مصرف همزمان با ویتامینC موجب افزایش زیست فراهمی‌منگنز می‌‌شود. 
● مولیبدن 
این ماده مغذی با در صورتی‌که با منابع غذایی غنی از مس مصرف شود می‌تواند با متابولیسم مولیبدن تداخل ‌کند. 
● نیاسین 
تریپتوفان پیش ساز سنتز آن است،کمبود ریبوفلاوین می‌تواند موجب شود تا سنتز نیاسین مختل شود. کمبود ویتامین B۶ نیز تاثیری مشابه با کمبود ریبوفلاوین دارد زیرا هردو ویتامین به عنوان کوفاکتور ضروری در سنتز آن هستند. 
● ویتامین B۱۲ 
مصرف قرص‌های کلرید پتاسیم که به آرامی‌در طول دستگاه گوارش باز می‌شوند جذب ویتامین B۱۲ را کم می‌کند. اگر همزمان با وجود بیماری کم‌خونی هماتولوژیک ناشی از کمبود B۱۲، مقدار زیادی فولات مصرف شود موجب می‌‌شود علایم آن باوجود بیماری مخفی بماند. 
‌● ویتامین B۶ 
وجود نیاسین در فعال کردن آن بسیار موثر است ریبوفلاوین نیز اثر مشابهی دارد. کمبود ویتامین C دفع ادراری آن را افزایش می‌دهد. روی نیز در تبدیل آن به شکل‌های فعال B۶ نیز نقش دارد. 
● ویتامین A 
با ویتامین C ، E و روی برهم کنش دارد. ویتامین C احتمالا می‌تواند در کاهش علایم مسمومیت با ویتامین A موثر باشد. ویتامین E جذب و ذخیره کردن ویتامین A را افزایش می‌دهد و از سمیت مقادیر بالای ویتامین A را می‌کاهد. کمبود روی نیز باعث اختلال در متابولیسم این ویتامین می‌شود. 
● ویتامین C 
مقدار زیاد آهن، ویتامین C خون را از طریق افزایش اکسیداسیون و ازدیاد دفع ادراری آن کاهش می‌دهد.روی نیز متابولیسم و به کارگیری ویتامین A را مختل می‌کند. 
● کلسیم 
هیپوکلسمی‌تبدیل ویتامین D را به شکل‌های فعال را سرعت می‌بخشد و هیپرکلسمی‌مانع از فعال شدن ویتامین D می‌شود. 
● فسفر 
کمبود فسفات خون تبدیل ویتامین D را به شکل‌های فعال را سرعت می‌بخشد و ازدیاد فسفات در خون مانع از فعال شدن ویتامین D می‌شود. 
● ویتامین E 
مصرف زیاد آهن، مس و اسیدهای چرب ضروری نیاز به ویتامین E را افزایش می‌دهد. کمبود روی مقدار این ویتامین را در خون کاهش می‌دهد، در صورت بروز کمبود سلنیوم نیاز به مصرف مکمل ویتامین E زیاد می‌شود، ویتامین C توکوفرول اکسید شده را احیا کرده و به شکل فعال توکوفرول برمی‌گرداند، در نتیجه این فرآیند ذخایر ویتامین E را بهبود می‌بخشد. 
● ویتامین K 
با کلسیم، ویتامین K و A برهم کنش دارند. مقادیر زیاد کلسیم یا افزایش نسبت دریافت آن در برنامه غذایی از ۱ به ۲ می‌تواند وضعیت ویتامین K را مختل کند. اگر مکمل ویتامین E در روز بیشتر از ۱۲۰۰ میلی گرم مصرف شود جذب و فعالیت ویتامین K را مختل کند. ویتامین A اگر به مقدار زیاد مصرف شود جذب ویتامین K را کاهش خواهد داد.